На території НПП «Синьогора» зростає 361 судинна рослина, з яких 22 занесено до червоної книги України.
Особливими є Субальпійські луки, на них можна побачити багато рідкісних та цікавих видів : Тирлич крапчастий Gentiana punctata (L.), а також Gymnadenia conopsea (L.) R.Br. на полонинах рясне цвітіння Lilium martagon (L.). вздож галявин, річок цвіте Dactylorhiza fuchsii (Druce) Soo.
